En la época colonial, para la salida de minerales valiosos, fue necesario fundar los primeros puertos del país, Veracruz y Campeche en el Golfo, y muchos años después, Acapulco, San Blas y Salina Cruz, en el Pacífico.

Con el tiempo, los cambios en la forma de administrar los puertos, han sido diversos y variados, correspondiendo en algunos períodos a los Capitanes de Puerto, en otros, a los Administradores de las Aduanas, posteriormente a la Secretaría de Comunicaciones y Obras Públicas, a través de un Departamento de Marina, del que dependían los Capitanes de Puerto, para después volver a ser administrados por la Secretaría de Marina.

Durante estos periodos de administración, podemos mencionar, que los permisos y autorizaciones para la prestación de los servicios públicos de maniobras en los puertos en zonas marítimas bajo jurisdicción federal, habían sido proporcionados de manera directa por el Ejecutivo Federal a las Organizaciones de Trabajadores, responsables de proporcionar o ejecutar los trabajos portuarios.

Esta forma de proporcionar los servicios portuarios, propició, la división de las maniobras, dando origen a la formación de Gremios de Trabajadores, y a los radios de acción; es decir de acuerdo al lugar en donde se ejecutaban los trabajos, lo cual en su momento generó una serie de problemas durante el manejo de la mercancía, volviéndose en maniobras lentas, bajos rendimientos, alta peligrosidad en la realización de los trabajos, escaso uso de maquinaria y equipo, entre otros. Es conveniente comentar, que no en todos los puertos se agudizó este tipo de problemas.

Dentro de las primeras actividades de la empresa SEPORMAN, fue el de contar con una sola organización de trabajadores, para la ejecución de todas las maniobras, participación de los usuarios en su capital social, la obtención de un adecuado equipamiento portuario, y capacitación al personal para elevar la calidad en la prestación de los servicios, entre otras.

Puertos Mexicanos se convierte, por primera vez en la historia moderna de los puertos, en un órgano capaz de contar con los recursos que se generaban en los mismos, ya que es quien recauda los derechos por uso de la infraestructura portuaria (puerto, atraque, muellaje y almacenaje), y a su vez agrupa a todas las dependencias que tenían relación con los puertos, facilitando así, todos los trámites que tenían que cumplir los usuarios de los puertos.

Las acciones emprendidas por Puertos Mexicanos, dieron pie a la nueva reestructuración de los puertos en nuestro país, la cual es iniciada en Junio de 1993, a raíz de la promulgación de la nueva Ley de Puertos.

A partir de que entran en función las Administraciones Portuarias Integrales, los puertos de nuestro país, se vuelven autosuficientes, ya que los recursos que estos generan, se quedan en cada uno de los puertos, convirtiéndose los derechos de puerto, atraque, muellaje y almacenaje, en tarifas por uso de infraestructura. Por lo tanto, dejan de ser subsidiados los puertos, volviéndose más productivos y competitivos.

Esto le permite a los puertos, en ser importantes contribuyentes al erario público, vía pago de contraprestaciones (por las concesiones otorgadas a las API’S), impuestos y capitalización de utilidades.

Se inician los procesos de privatización para la operación de las terminales e instalaciones, y para la prestación de los servicios portuarios. Por lo tanto, es el capital privado, el que invierte en la operación y equipamiento de dichas terminales, por lo que, y en base a normas claras, se empieza con la Libre Competencia en la prestación de los servicios, con los beneficios que esto genera para el usuario y el cliente.

Se hace una nueva reforma laboral, se crean nuevos sindicatos, se firman nuevos contratos colectivos de trabajo, ya que son ahora las empresas de la iniciativa privada, las que celebran directamente los convenios con los sindicatos de los trabajadores.

Entre los aspectos que destacan del Título de Concesión de la API son:
La planeación del desarrollo y uso del suelo se determina en el puerto.
Los recursos que se generan en el puerto, se destinan íntegramente al desarrollo de instalaciones comunes y nuevos proyectos.
El contar con unas Reglas de Operación del puerto de Manzanillo.

La problemática derivada de la actividad portuaria, se da a conocer a través de un Comité de Operaciones, en el cual intervienen representantes de todas aquellas figuras que de una forma u otra, intervienen en el puerto, y es presidido por la API de Manzanillo.

Se menciona sobre la posibilidad de ceder, mediante licitación pública, instalaciones, terminales, o áreas para el establecimiento de nuevas instalaciones especializadas.

También se contempla, el otorgamiento de contratos para la prestación de servicios portuarios, mediante el establecimiento de reglas claras, que permiten la libre competencia.

Se abre la posibilidad a la inversión extranjera, hasta con un 100% de su capital, sujeto a que la aportación sea realizada en empresas constituidas en nuestro país.

La API de Manzanillo, inicia su proceso de privatización de terminales, instalaciones y de prestación de servicios, a partir de 1995, en donde son cedidas por primera vez a inversionistas privados, la Terminal Especializada de Contenedores, la Instalación de usos Múltiples No. 1, y el Servicio de Remolque, entre otros.

Actualmente la API de Manzanillo ha logrado privatizar todos los servicios que actualmente se prestan dentro del recinto portuario, siendo un beneficio para todos nuestros clientes, ya que se ha logrado una sana competencia, en cuanto a la promoción de tarifas se refiere. De igual forma, se continúa trabajando en la atracción de nuevas inversiones privadas para el puerto de Manzanillo, así como una mayor inversión pública, con recursos propios de la API, para la construcción y mantenimiento de la infraestructura portuaria.